3D-Druck ist ja noch weitgehend monochrom. Der Workaround sind Mehrfach-Extruder.
Dabei spuckt das Programm mehrere STLs aus – für jede Farbe eine. Man füttert jeden Druckkopf mit andersfarbigem Plastik, und jeder druckt dann die dazugehörige STL. Aber synchron, so dass ein solides Modell rauskommt (nichts zum Zusammenstecken).
Ein schönes Beispiel ist
2-color tree frog auf Thingiverse. Der eine Extruder greift sich diese Datei und wird mit grünem Plastik gefüttert:

Der andere schnappt sich diese und wird mit schwarzem Plastik gefüttert:

Heraus kommt dann das:

Der Umgang mit solchen Daten ist furchtbar nervig, weil man halt beide Dateien synchron bearbeiten muss.
Das war eine lange Einleitung … Mein Viewer kann jetzt bis zu vier Einzelteile importieren, überlagern, und jedem eine eigene Farbe zuweisen:
(Ist das hämisch, Tux in ein Windows-Programm zu laden? Aber es ist eben
so ein schönes Modell! 
)
Das ist noch nicht perfekt, aber ein erster Schritt. Ich möchte die UI gern einfacher bedienbar machen, aber dafür habe ich gerade einfach keine Zeit. Besser als nichts …
… jetzt werde ich das erstmal in ein paar Experten-Foren veröffentlichen und abwarten, was für Feedback ich bekomme. Falls es unnütz ist, fliegt’s halt wieder raus.